Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) merupakan wadah aktivitas Mahasiswa yang bertujuan untuk mengembangkan potensi Mahasiswa dengan berbagai kegiatan yang tidak diperoleh dari perkuliahan. UKM pada tingkat Universitas berada dibawah binaan oleh pembina yang ditunjuk oleh Rektor.
Organisasi Mahasiswa (ORMAWA) merupakan wadah organisasi Mahasiswa yang bertujuan untuk mengembangkan potensi Mahasiswa. Organisasi ini berada dibawah binaan oleh Fakultas dan Program Studi masing-masing.
Organisasi Otonom (Ortom) Muhammadiyah adalah organisasi atau badan yang dibentuk oleh Persyarikatan Muhammadiyah yang dengan bimbingan dan pengawasan, diberi hak dan kewajiban untuk mengatur rumah tangga sendiri, membina warga Persyarikatan Muhammadiyah tertentu dan dalam bidang-bidang tertentu pula dalam rangka mencapai maksud dan tujuan Persyarikatan Muhammadiyah.
UNISA Yogyakarta memiliki berbagai komunitas yang dibentuk oleh mahasiswa untuk mengasah bakat sesuai dengan minat masing-masing. Komunitas tersebut terbentuk oleh latar belakang keilmuan masing-masing mahasiswa mau pun yang terbentuk karena kegemaran akan minat tertentu oleh setiap mahasiswa tanpa melihat latar belakang keilmuan.
