Berdasarkan misi dan visi di atas, maka tujuan yang ingin capai Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta adalah:

1. Menghasilkan lulusan berakhlak mulia, menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi berwawasan kesehatan, profesional, berjiwa entrepreneur, dan menjadi kekuatan penggerak  (driving force) dalam memajukan kehidupan bangsa.
2. Menghasilkan karya-karya ilmiah berwawasan kesehatan yang menjadi rujukan dalam penyelesaian masalah.
3. Menghasilkan karya inovatif dan aplikatif berwawasan kesehatan yang berkontribusi pada pemberdayaan dan pencerahan.
4. Menghasilkan model berbasis praksis pemberdayaan perempuan berlandaskan nilai-nilai Islam Berkemajuan.
5. Menghasilkan pemikiran Islam Berkemajuan dan sebagai penguat moral spiritual dalam implementasi Tri Dharma Perguruan Tinggi.

Kebijakan Mutu Universitas Aisyiyah Yogyakarta adalah Perguruan Tinggi ‘Aisyiyah yang unggul dan secara berkelanjutan menghasilkan lulusan yang berdaya saing tinggi dan mampu mengimplementasikan nilai-nilai keislaman sesuai faham muhammadiyah

Seluruh civitas akademika Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta berkomitmen:

1. Sanggup dan Komitmen untuk melaksanakan seluruh tugas, fungsi, wewenang dan bekerja keras menyukseskan penyelenggraaan pendidikan secara jujur, adil dan bertanggung jawab, dan tidak akan melakukan kegiatan dan atau tindakan yang menyimpang dari aturan yang berlaku di Indonesia.
2. Komitmen meningkatkan kualitas, akseptabilitas dan kredibilitas penyelenggaraan pendidikkan untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan,
3. Komitmen menghadapi masalah, serta mencari solusi terbaik terhadap pemecahan masalah dengan mengedepankan pelayanan yang prima, untuk kenyamanan Universitas Aisyiyah Yogyakarta dan senantiasa menjaga nama baik universitas.
4. Komitmen menjaga sikap yang cerdas, bersih, santun, jujur, objektif, transparan dan profesional serta senantiasa adil dan tidak akan diskrimintatif.