Sasaran Mutu Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta adalah sebagai berikut :
- Capaian kompetensi nilai-nilai keislaman mahasiswa sesuai dengan faham Muhammadiyah dengan nilai baik minimal 90% per tahun.
- Mahasiswa menyelesaikan studi tepat waktu 98% per tahun.
- Tingkat kelulusan first taker uji kompetensi 97% per periode ujian.
- Lulusan berkarya sesuai kompetensi dengan masa tunggu kurang dari 4 bulan.
- Lulusan yang menjadi entrepreneur minimal 10%.
- Prestasi mahasiswa di tingkat nasional minimal 32 prestasi per tahun.
- Partisipasi mahasiswa di tingkat internasional minimal 16 prestasi per tahun.
- Institusi terakreditasi A oleh BAN PT
- Program studi terakreditasi A minimal 25%.
- Program studi terakreditasi internasional minimal 25%.
- Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang menjadi rujukan pemecahan masalah minimal 3 per tahun.
- Publikasi karya ilmiah dosen pada jurnal nasional minimal 50 artikel per tahun.
- Publikasi internasional dosen 75 artikel per tahun.
- Dosen tetap pendidikan S3 minimal 5%.
- Dosen tetap mempunyai jabatan lektor minimal 20%.
- Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang diaplikasikan pada kegiatan pengabdian kepada masyarakat minimal 3 per tahun.
- Jumlah community development kemitraan dengan Persyarikatan Muhammadiyah/ ’Aisyiyah minimal 1 per tahun.
- Jumlah kegiatan pengabdian kepada masyarakat untuk pemberdayaan perempuan minimal 3 per tahun.
- Policy paper tentang pemikiran Islam Berkemajuan minimal 10 per tahun.
